در قرن هشتم قبل از میلاد در کتیبه های پادشاه آرگیشت اول (764 تا 786 ق. م.) درباره منطقه جاواخک که واقع در استان گوگارک هایک بزرگ بود با نام سرزمین «زاباخا» یاد شده است. و. سرکیسیان در تحقیقات خود تلاش کرده است ریشه نام «جاواخک» یا «جاباق» را با توجه به موقعیت جغرافیایی- نقشه نگاری و دشتهای سرسبز آن تعیین کنند. براساس این تحقیقات اولین استان با نام کنونی جاواخک در قرن پنجم میلادی است که  
موسس خورناتسی در کتاب تاریخ ارمنستان خود به آن اشاره کرده است. در آنجا اشاره به اصلاحاتی که واقارشاک، پادشاه ارمنی در هایک بزرگ و آن منطقه انجام داده است پرداخته. در قرن چهارم قبل از میلاد نیز جاواخک استراحتگاه تابستانی «پارناواز» پادشاه گرجستان بوده است.

در اولین تقسیم ارمنستان هایک بزرگ بین امپراطوری رم باستان و پادشاهی ساسانیان (386 ق. م.) جاواخک و اراضی دیگر ضمیمه «ویرک» شد. درقرن نهم قسمت جنوبی جاواخک شامل گوگشن به سلسله پادشاهی «باگراتونی» ارمنستان ملحق می شود. ولی این استان «آخالکا لاک» همچنان جزو گرجستان قلمداد شده است. در سال 1065م این منطقه مورد هجوم و سلطه ترک های سلجوقی قرار گرفته که تا مرز نابودی پیش می رود.

در سال 1236م، مغولها جاواخک را تصرف می کنند. در سال 1266م «سرکیس جاقه تسی» در جاواخک و «آخالتسخا» حکومت معروف «سامتسخه-ساتاباگو» را تاسیس می کند. این حکومت تا سال 1637م یعنی زمان حمله ترکهای عثمانی پابرجا بود.

جاواخک تحت سلطه روسها و ترکها

در قرن هفدهم جاواخک تحت سلطه ترکها و حاکمیت مرکزی آخالتسخا بود. در سال 1828م پس از
جنگ های  متناوب روسیه تزاری و ترکها نهایتاً این منطقه، به روسیه تزاری ملحق شد، لیکن منطقه تقریباً از ساکنان مسیحی خود خالی شده بود. پس از اینکه تکلیف مالکیت این اراضی بین روسها و ترکها مشخص گردید. کوچ اجباری ساکنان دو طرف آغاز شد.

نهایتاً در سال 1918م پس از پایان جنگهای روسیه تزاری و ترکیه، در بین هجوم های قوای ترک، نیروهای تدافعی نتوانستند مقاومت کنند و مردم جاواخک در وضعیت فلاکت باری قرار گرفتند. سرانجام پس از متلاشی شدن امپراطوری روسیه جاواخک بعنوان بخشی از خاک گرجستان به جمهوری تازه تأسیس گرجستان ملحق شد.

جاواخک در سالهای تحت سلطه اتحاد جماهیر شوروی

در سال 1921م در ششم نوابر، بر خلاف نظر ساکنان ارمنی منطقه جاواخک قراردادی بین ارمنستان و گرجستان هر دو با حکومت مرکزی اتحاد جماهیر شوروی درتفلیس عقد شد که بموجب آن جاواخک بصورت رسمی جزء مرزهای گرجستان شوروی قرار می گرفت.

همچنین در سال 1929م هنگامی که جمهوری گرجستان و ارمنستان اولین قانون اساسی خود را در اتحاد جماهیر شوروی پذیرفتند، جاواخک بصورت رسمی جزو جمهوری گرجستان قرار گرفت. در سال 1936م هنگامیکه برای اولین بار اتحاد جماهیر شوروی قانون اساسی خود را بازنگری می کرد مسئله الحاق آخالکالاک و بورچالور به ارمنستان مطرح شد که با تلاش های« بریا» یکی از رهبران کمونیست گرجی  این امر تحقق یافت.

در سالهای دیکتاتوری استالین (1923 تا 1953م) مسئله الحاق جاواخک به ارمنستان بعنوان بخشی از مسئله ارمنی کاملاً مسکوت ماند. بدین صورت این امر بعنوان یک مسئله ملی هیچ جایی در سیاست های
اتحاد جماهیر شوروی نمی توانست داشته باشد.

جاواخک بعد از فروپاشی اتحاد جماهیر شوروی

بعد از فروپاشی شوروی و تاسیس گرجستان به رهبری گامساخوردیا سیاست برخورد با جمعیت ارمنیان و مناطق ارمنی نشین شروع شد. ایجاد محدودیت و عدم رفع محرومیت ها، همچنین با تلاش در تغییر پراکندگی و جمعیت ارمنی نشین مناطق مذکور جزو سیاست هایی هستند که تا به امروز ادامه دارند.

امروز جاواخک با مسائل عدیده ای نظیر مشکلات سیاسی، اجتماعی و اقتصادی روبرو است. این موارد نیز مهاجرت ارمنیان را از منطقه موجه جلوه می دهد. همچنین دولت مرکزی با شهرک سازی و تشویق گرجیان به اقامت و سکونت در مناطق ارمنی نشین سعی در تغییر بافت و ارمنی زدایی از سرزمین آبا و اجدادی آنها را دارد. در این حین ماشین تبلیغاتی گرجستان تلاش دارد ارمنیان جاواخک را بعنوان جدایی طلب و افراطی به جامعه خود معرفی کند. تا جایکه حتی رسانه های مرتبط با اپوزیسیون دولت گرجستان نیز همواره از این مسئله بعنوان موردی بر علیه دولت مرکزی خود سود می جویند.